Atualmente, o grande desafio para os gestores públicos de organizações de C,T&I é gerar resultados com impactos econômicos e sociais que justifiquem os investimentos públicos realizados. Para tanto, necessitam, entre outras importantes mudanças no cotidiano das instituições, priorizarem as aplicações de recursos na direção de uma maior eficácia.

A capacidade de antecipação e visão de futuro, a tomada de decisão de forma participativa e a vinculação das ações às demandas identificadas irão, cada vez mais, diferenciar as organizações voltadas para a sociedade e as outras, que, por permanecerem isoladas, poderão estar vulneráveis ou mesmo insustentáveis. Nesse sentido, a capacidade de articular atores diversos da sociedade no desenvolvimento de atividades ganha cada vez maior importância.

Um importante aspecto a ser destacado no âmbito das ações do Centro é o estabelecimento de bases metodológicas para trabalho em rede, um elemento importante para subsidiar a formulação de políticas públicas. Os seus fundamentos devem considerar, entre outras questões, as necessidades de conhecer e discutir os principais modelos de rede nascidos de experimentos científico-tecnológicos, político-sociais e artístico-culturais já existentes no Brasil. Como órgão de gestão e estudos estratégicos, o CGEE busca ainda contribuir para o aprimoramento institucional do SNCT&I, com destaque para as questões da segurança jurídica e do marco regulatório. Esse eixo abrange a análise e o desenvolvimento de novos modelos institucionais e de processos, métodos, instrumentos e mecanismos inovadores para a atualização e modernização dos sistemas de planejamento e gestão dos órgãos e redes de instituições que atuam na área de CT&I. Neste contexto, o CGEE contribui com suas competências básicas, como estudos prospectivos e avaliação estratégica, desenvolvendo e adaptando metodologias para o aprimoramento do Sistema e propondo novas formas de prospectar o futuro e avaliar temas em CT&I.