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Como forma de organizar a execução de seus trabalhos, o CGEE definiu cinco Linhas de Ação que orientam a elaboração da sua agenda de trabalho junto ao MCTIC, na condição de Órgão Supervisor do Contrato de Gestão, quais sejam:

Estudos, Análises e Avaliações

O CGEE busca, permanentemente, agregar valor aos processos de tomada de decisão em alto nível do SNCTI a partir de visões prospectivas obtidas por meio de processos modernos e participativos de gestão da informação e do conhecimento, e articulação dos principais atores envolvidos.

Articulação

Um importante aspecto a ser destacado no âmbito das ações do Centro é o estabelecimento de bases metodológicas para trabalho em rede, um elemento importante para subsidiar a formulação de políticas públicas. Os seus fundamentos devem considerar, entre outras questões, as necessidades de conhecer e discutir os principais modelos de rede nascidos de experimentos científico-tecnológicos, político-sociais e artístico-culturais já existentes no Brasil. O CGEE busca ainda contribuir para o aprimoramento institucional do SNCTI, com destaque para as questões de segurança jurídica e marco regulatório.

Apoio Técnico à Gestão Estratégica do SNCTI

A missão institucional do CGEE será melhor atendida na medida em que se consolidam subsídios para a formulação de políticas públicas e para a gestão estratégica do SNCTI, particularmente no que se refere:  aos aspectos ligados ao financiamento (fontes orçamentárias e não orçamentárias); ao aprimoramento dos marcos legais em CT&I; à busca de sinergias entre os seus principais atores; e aos ganhos em eficiência na gestão programática de natureza estratégica.

Disseminação de Informação de CT&I

Os dados e informações, públicos e privados, são os principais insumos para os trabalhos conduzidos pelo CGEE. A sua aquisição, tratamento, visualização e disseminação são constitutivos da atuação do Centro na melhoria da qualidade da tomada de decisão associada a temas estratégicos de interesse nacional na área de CT&I. O número de fontes de informação cresce de forma exponencial em âmbito nacional e internacional, exigindo do Centro liderar a construção de ferramental e métodos para que seja possível a consecução das etapas anteriormente destacadas.

Nessa Linha de Ação estão, também, as atividades de editoração e disseminação dos principais resultados obtidos pelo Centro vinculados aos trabalhos realizados no âmbito das suas Linhas de Ação e áreas nodais de atuação.

Desenvolvimento Institucional

A capacitação e o aprimoramento contínuo do corpo técnico e administrativo do CGEE fazem parte das atividades principais do Centro, incluindo a interação com grupos de instituições congêneres do Brasil e do exterior. Por meio dessa Linha de Ação, o CGEE também moderniza, permanentemente, as suas metodologias de trabalho (métodos e ferramentas), com vistas a proporcionar maior eficiência à execução dos seus estudos, análises e avaliações.